FUNZEL trabaja en coordinación con el Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales (MARN), el cual es el ente rector de la vida silvestre en El Salvador. En nuestras instalaciones, contamos con un área de primeros auxilios para recibir fauna silvestre catalogada como amenazada o en peligro de extinción. Los especímenes después de recibir tratamiento veterinario, curación y rehabilitación y, de acuerdo a su estado, son remitidos al MARN quien se encarga de su posterior liberación u otro destino, dependiendo de cada caso.
En el pasado FUNZEL manejó un sofisticado centro de rescate y rehabilitación dentro de la Finca San Luis, Santa Tecla, gracias a la amabilidad de doña Maly Guirola. El terremoto del 2001 obligó a cerrar este centro. Aspiramos a poder reconstruir nuevamente el Centro de Rescate y Rehabilitación de Fauna Silvestre en un lugar propio de FUNZEL.
FUNZEL concientiza a la población sobre la importancia de la vida silvestre para el desarrollo El Salvador, fomentando el cumplimiento de la normativa legal, combatiendo la tenencia ilícita de animales silvestres, en especial los que están amenazados o en peligro de extinción, y presentando alternativas económicas para las poblaciones que se dedican a la venta y comercio ilícito. Así, FUNZEL trabaja en apoyo y coordinación con las autoridades rectoras de aplicar la Ley de Vida Silvestre y los Convenios y Acuerdos Internacionales y Regionales sobre el tema. FUNZEL en sus 28 años de trabajo ha concentrado acciones en los siguientes grupos de vertebrados terrestres y semiterrestres han sido y continúan siendo de los más afectados por el comercio ilícito y la desaparición de los bosques naturales, como es el caso de las guaras y jaguares.
En El Salvador están registrados tres felinos silvestres y uno extinto: tigrillo (Leopardus wiedii), ocelote (Leopardus pardalis), gato zonto o yaguarundi (Puma yagouaroundi) y jaguar (Panthera onca). Las poblaciones de estas especies en el país son pequeñas por lo reducido del territorio y espacios naturales en el país, lo cual limita su reproducción.
Conformado por pericos, cotorras, loras y guaras. La gran mayoría de psitácidos en cautiverio, son producto del comercio ilegal. Aún se comercializan ilegalmente estas especies, en especial los pericos y lora nuca amarilla, la cual es una especie emblemática de El Salvador.
Es un grupo incluido dentro de los reptiles, sin embargo, reviste especial interés en El Salvador donde en el 2009, a partir de un decreto ejecutivo prohibiendo el consumo de huevos o partes de tortugas marinas. FUNZEL apoya el cumplimiento de la normativa, conjuntamente con otras ONG y participar activamente en el Programa Nacional de Conservación de la tortuga marina en apoyo al MARN.
Iguanas, garrobos, lagartijas, serpientes, tortugas terrestres y marinas, cocodrilos y caimanes, estos dos últimos habitantes de manglares y cuerpos de agua, son perseguidos por su piel.