Desde hace varios años, miembros de FUNZEL especialistas en aves (ornitólogos) han estudiado las poblaciones de pericón verde (Psittacara strenuus) en los alrededores de Antiguo Cuscatlán. Basados en sus hallazgos FUNZEL cabildeó con Alcaldía Municipal la cual decretó el municipio de Antiguo Cuscatlán santuario de la especie. Actualmente con apoyo financiero del Banco Agrícola y en colaboración con la Universidad Centroamericana José Simeón Cañas (UCA), FUNZEL estudia el tamaño y comportamiento las poblaciones de pericón verde en Antiguo cuscatlán que se concentran dentro del campus de la UCA, bajo el liderazgo de ornitólogo Ricardo Ibarra, miembro e investigador adjunto de FUNZEL. Esta especie que es depredada para venderla ilegalmente como mascota, se encuentra AMENAZADA de acuerdo al Listado de Especies Amenazadas y en Peligro del MARN.
Además, en alianza con la organización Paso Pacífico, FUNZEL está trabajando en la recuperación de la lora nuca amarilla (Amazona auropalliata) en los alrededores del Trifinio y del Parque Nacional Montecristo en Metapán.